Pusat Penelitian Perbatasan (Puslit Perbatasan) merupakan pusat penelitian di bawah LPPM Unhan yang melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi Penelitian khusus bidang perbatasan Negara Kesatuan Republik Indonesia.
Indonesia merupakan negara kepulauan dengan ribuan pulau-pulau terdepan, masalah perbatasan sering terjadi antara Indonesia dengan negara-negara tetangga sehingga diperlukan analisa terhadap permasalahan perbatasan ini dan cara penyelesaiannya.
Puslit Perbatasan LPPM Universitas Pertahanan kesehariannya dalam melaksanakan sebagian Tri Dharma Perguruan Tinggi selalu melakukan riset-riset yang berkaitan dengan polemik perbatasan NKRI baik perbatasan wilayah darat, laut maupun udara serta solusi pemecahannya.